文件系統的選擇
　　可以為 windows 2000 Server 計算機的磁盤分區選擇下列之一的文件系統： FAT 、FAT32 和NTFS。NTFS 是推薦的文件系統。FAT 和 FAT32 彼此相似，但與 FAT 相比，FAT32 可用在容量較大的磁盤上。
　　NTFS
　　NTFS 與 FAT 和 FAT32 相比，它是最強大的文件系統。windows 2000 Server 包括新版本的 NTFS，它支持各種新功能：
§　Active Directory，可用來方便地查看和控制網絡資源。
§　域，它是 Active Directory 的一部分，在簡化管理的同時，依然可以使用域來調整安全選項。域控制器需要 NTFS 文件系統。
§　文件加密，它極大地增強了安全性。
§　可以對單個文件設置權限，而不僅僅是對文件夾進行設置。
§　稀疏文件，這些是由應用程序創建的非常大的文件，以這種方式創建的文件只受磁盤空間的限制。也就是，NTFS 只為寫入的文件部分分配磁盤空間。
§　遠程存儲，通過使可移動媒體（如磁帶）更易訪問，從而擴展了硬盤空間。
§　磁盤活動恢復記錄，可幫助用戶在斷電或發生其他系統問題時，盡快地還原信息。
§　磁盤配額，可用來監視和控制單個用戶使用的磁盤空間量。
§　可更好地支持大驅動器，NTFS 支持的最大驅動容量比 FAT 支持的容量大得多，但隨著驅動器容量得增大，NTFS 的性能并不隨之降低，而 FAT 的性能卻急速下降。
　　安裝程序可以方便地將分區轉換為新版的 NTFS，即使該分區以前使用的是 FAT 或 FAT32 文件系統，這種轉換可保持文件的完整性。如果不想保留文件，且有一個 FAT 或 FAT32 分區，建議使用 NTFS 格式化該分區，而不是轉換 FAT 或 FAT32 文件系統。格式化分區會刪除該分區上所有的數據，但使用 NTFS 格式化的分區與從 FAT 或 FAT32 轉換來的分區相比，磁盤碎片較少，且性能更快。
FAT 和 FAT32
　　有一種情況可能需要將 FAT 或 FAT32 選為用戶的文件系統。如果需要讓計算機有時運行早期的操作系統，有時運行 windows 2000，則需要將 FAT 或 FAT32 分區作為硬盤上的主（或啟動）分區。這是因為早期的操作系統（只有一個例外），都無法訪問使用最新版 NTFS 格式化的分區。例外是帶有 Service Pack 4 或更高版本的 Windows NT 4.0，它可以訪問使用最新版 NTFS 格式化的分區，但也有一些限制。
硬盤分區的規劃
　　只有在執行全新安裝，而不是執行升級時，需要在運行安裝程序之前，規劃磁盤分區。磁盤分區是一種劃分物理磁盤的方式，以便每個部分都能夠作為一個單獨的單元使用。當在磁盤上創建分區時，可以將磁盤劃分為一個或多個區域，以便將這些區域用諸如 FAT 或 NTFS 這樣的文件系統格式化。主分區（或稱為系統分區）是安裝加載操作系統（如 windows 2000）時所需文件的分區。主分區用特殊的文件系統格式化，分配的驅動器號為 C：。
§　如果計劃在硬盤上刪除或創建分區，請確保已備份了該磁盤的內容，因為這些操作將會破壞現有的數據。
§　在運行安裝程序執行全新安裝之前，需要決定安裝 Windows 2000 Server 的分區大小。并沒有固定的公式計算分區大小，基本規則就是為一同安裝在該分區上的操作系統、應用程序及其他文件預留足夠的磁盤空間。安裝 windows 2000 Server 的文件需要至少 1 GB 的可用磁盤空間，這在系統需求中已說明。建議要預留比最小需求多得多的磁盤空間。分區的大小為 2-4 GB 就可以，而對于更大的安裝，則需要為其保留 10 GB 的磁盤空間。這樣就為各種項目預留了空間，它們包括可選組件、用戶帳戶、Active Directory 信息、日志、未來的Service Pack、操作系統使用的分頁文件以及其他項目。
§　在安裝過程中，只需創建和規劃要安裝 Windows 2000 的分區。在安裝完 windows 2000 之后，可以使用磁盤管理來管理新建和已有的磁盤和卷。這包括利用未分區的空間創建新的分區；刪除、重命名和重新格式化現有的分區；添加和卸掉硬盤以及在基本和動態格式之間升級和還原硬盤。